我国微生物肥料种类繁多，根据分类的依据不同，有以下几种微生物肥料。

一、按照微生物肥料的有效菌和物质构成，根据我国微生物肥料的产品标准，通常将微生物肥料分为:农用微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三大类。

1.农用微生物菌剂是指由一种或多种目的微生物经过发酵工艺扩繁制成发酵液后，浓缩加工成的液体活体菌剂，或以草炭、蛭石等多孔载体物质作为吸附剂，吸附菌体而成的粉剂和颗粒菌剂制品。它具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡、降解有毒有害物质等功能，通过其中所含有效菌的生命活动，在应用中发挥增强植物养分供应、促进植物生长、改善农产品品质及农田生态环境等作用。

2.复合微生物肥料是指由有效菌与营养物质(氮磷钾等)复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农作物产量或改善农产品品质的活体微生物制品。其特点是含功能菌、氮磷钾养分和有机载体，兼具微生物菌剂和化肥效应，可平衡肥料的速效养分与长效养分的供给需求。

3.生物有机肥是指由特定功能微生物与主要以畜禽粪便、农作物秸秆等动植物残体为原料经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物菌剂和有机肥效应的肥料产品。生物有机肥外型上为颗粒状，是一种环保肥料，适合在有机农业生产中使用。

二、按照制品中特定微生物种类分类

1.细菌类肥料:如根瘤菌肥、固氮菌肥等。

2.放线菌肥料:如抗生菌肥料。

3.真菌类肥料:如菌根菌肥料。

4.藻类肥料:如固氮蓝藻等。

三、按制品内含微生物种类多少分类

1.单一微生物肥料

2.复合微生物肥料

3.复混微生物肥料

四、按照剂型不同分类

1.液体

2.固体粉末

3.固体颗粒

五、按照其功能特性分类

1.根瘤菌剂

2.固氮菌剂

3.溶磷菌剂

4.硅酸盐菌剂

5.光合菌剂

6.有机物料腐熟剂

7.促生菌剂

8.复合菌剂

9.菌根菌剂

10.生物修复菌剂