由于在农业生产的过程中大量运用化肥与农药，这引起了严重的土壤退化、环境恶化以及农产品质量下滑等一系列问题。从某种程度上讲，这种现象已经严重威胁到我国的食品安全和环境安全。在这样的大背景下，由于微生物肥料具有绿色、安全等优点，其被视为环境友好肥料受到了社会各界的高度重视。特别是复合微生物肥料，因其有利于环境保护、能源节约以及品质保证，在生产安全、优质农产品的过程中以及保护生态环境的进程中复合微生物肥料的地位一直处于不断提高状态。尤其是在我国大力提倡可持续发展的今天，复合微生物肥料在农业生产中的地位极其突出。

1、提高养分供应能力

复合微生物肥料主要的功效之一便是为植物提供足够的养分供应能力。微生物能够对土壤中含有的有机质进行分解，能够将能量进行有效的转化，其对于养分的循环也发挥着不可替代的作用。

通常情况下，植物是利用异养微生物的主导作用使土壤中存在的有机物被分解，再利用分解获得的养分使系统中存在的营养物质循环得到维持。当然，微生物也可以充分利用自身细胞使得碳元素以及其他的营养物质得到固定，例如：可以有效利用固氮使得土壤的含氮量得到增加，可以充分发挥微生物的生命活动使得土壤中含有的水溶性磷、钾量得到提高，由此可以使得土中元素的转化率以及利用率有所增加，从而让植物养分供应能力得以提升。为什么固氮微生物肥料可以使得土壤中的氮含量得以增加呢？现以根瘤菌为例进行说明。根瘤菌能够把空气中存在的氮气转化为植物吸收利用所需要的氮，作用机理可以由以下方程式表示：N2+e+H++ATP→NH3+ADP+Pi

由以上化学反应方程式可以看出：氮气首先进入根瘤菌自身，然后经根瘤菌体自身所含内酶的催化作用，通过生化反应，转换得到植物所需的谷氨酰胺、谷氨酸等。就我国土壤性质来看，其中的磷含量其实并不低，然而能够有效供应的磷含量却严重不足。据调查，可以被植物所吸收和利用的磷仅占五个百分点左右。

如今，世界范围内被大众认可的磷细菌肥料的解磷机理是：酸溶作用机理。解磷菌在整个生长与代谢的过程当中会形成不同种类的有机酸和无机酸，而土壤中存在的难溶性的磷酸盐就会因为被这些有机酸和无机酸的作用而溶解。螯合作用机理。部分研究者认为由微生物分泌得到的分泌物可以螯合闭蓄态Fe2P、AI2P以及Ca2P，从而让水溶性得到提高。酶溶作用机理。通常情况下，磷酸酶类物质受磷酸酶催化作用的影响可以让磷酸酯或者是磷酸酐等有机磷酸盐被水解，从而得到需要的可溶性磷。

2、刺激作物生长

由于微生物在进行代谢活动的时候不仅可以形成酚类化合物、细胞分裂素、赤霉素以及衍生物等植物激素，而且也能够形成烟酸和泛酸等酸性物质，同时还能够形成维生素等活性物质。而这些植物激素、酸性物质以及活性物质对于作物的生长都能够起到良好刺激作用。微生物所形成的细胞分裂素对于植物根系的生长具有较高的促进作用，共生微生物所形成的植物激素也能有效促进植物的生长和发育。

3、抑制病虫害

复合微生物肥料中存在众多的有益微生物，而他们的大量繁殖可以让他们在作物根际土壤微生态系统中建立良好的优势种群，从而使病原微生物的生长和繁殖受到很大程度的限制。所以，复合微生物肥料可以有效抑制有害病原微生物的成长，能够使得作物病虫害的发生率明显下降。除此之外，如果使用了芽孢杆菌等可以分泌抗生素的微生物，那么植物根际在进行繁殖与生长的过程中，这些分泌出来的抗生素能够有效屏障部分病原菌以及病毒等，因此，其可以有效减少土传病害现象。

4、增强作物抗逆能力

由于复合微生物肥料具有诱导作物形成过氧化物酶和超氧化物歧化酶等菌种存在，而这些菌种都是可以增强作物抗逆性的物质。当作物因为虫害、干旱、病害、衰老以及盐碱等不利现象迫害的时候，过氧化物酶和超氧化物歧化酶等菌种便可以通过消除自身自由基的方法来较大限度得减轻外界环境对作物的负面影响。

5、降解有害物质

复合微生物肥料中具有降解植物自毒物质的特殊微生物存在，其可以有效减少重茬对作物生长所造成的伤害。这些特殊的微生物可以让土壤中存在的杀虫剂、除草剂以及杀菌剂残留物质得到有效降解。因此，复合微生物肥料对于外来有害污染物起到了很好的降解作用，其在一定程度上减少了外来物质的不良影响，使土壤得到了有效的净化。

6、改善土壤结构

在作物培育的过程中科学、合理的使用复合微生物肥料可以有效减少化肥的使用，这就减少甚至避免了大量施肥所造的土壤团粒结构破坏的现象。并且，采用复合微生物肥料可以有效增加作物的根系量。作物根系是提供土壤有机质的重要部位，主根系量的增加让土壤中存在的腐殖质、黏土以及Ca2+得到充分结合，从而构成有机无机复合体，这样对于建立土壤中水稳性团聚体起到了良好的促进作用。若是把其和常规施肥进行比较，可以发现施加复合微生物肥料能够有效增加土壤阳离子的交换量，因此，其在一定程度上改善了土壤的结构。

在应用过程中，首先，选择的微生物菌必须经过有关部门的登记，并且满足许可菌种的要求。在数量方面，微生物菌必须符合国家以及行业的相关规定。其次，在施用复合微生物肥料的时候，应当结合肥料自身的特点，考虑实际的土壤环境、当地的气候特征以及作物需求等具体情况科学选择合适的品种以及复合微生物肥料的施用方法。

需要注意的是复合微生物肥料施用时应注意以下两点：（1）应当尽可能减少甚至避免微生物因为高渗透压、高温、紫外线 以及酸碱等外界因素而受到迫害。（2）必须充分保障微生物生长和繁殖需要的水分、营养以及温度等生存条件。