微生物肥料是不同于化肥、有机肥的一种新型肥料。它是一类以微生物生命活动及其产物导致农作物得到特定肥料效应的微生物活体制品。也就是说，含有已知的、具有特定功能的微生物，是微生物肥料产品的本质特征。产品中的这些功能微生物含量是它不同于其他肥料的核心技术参数和关键指标。反之，如果产品中不含有已知的特定功能微生物，就不能称之为微生物肥料。

微生物肥料具有功效由产品中所含的微生物种类来决定。由于微生物微生物种类很多，可依据实际需要选择不同功能的微生物菌种，生产出不同功能特点的微生物肥料产品。有的微生物产品使用后可增加作物养分的供应量，有的产品能促进作物生长，有的产品可修复和净化土壤，有的产品能促进秸秆等有机物料的分解腐熟，有的产品可以提高作物的品质，有的产品可提高植物抗病、抗旱等抗逆能力。也就是说，某一具体的产品以其中的1~2个功能为主，同时具备以上所有功能的产品几乎不可能。因此，我们应该按照目标需求，选用不同功能的微生物肥料产品，才能发挥出产品的功效与特点。

基于以上对微生物肥料的认识，在农业行业标准《微生物肥料术语》（NY/T 1113-2006）中，将微生物肥料定义为含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。这一定义明确了微生物肥料的本质特征和功效范围。